• 热点推荐:
 首页 / 生活小窍门 / 正文
MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库

Time:2021-09-06 12:30:07 Read:5 评论:0 作者:admin

论文:miRNASNP-v3: a comprehensive database for SNPs and disease-related variations in miRNAs and miRNA targets(MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异的综合数据库)

MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库

摘要

MicroRNAs(MiRNAs)相关的单核苷酸变异(SNVS),包括miRNA的单核苷酸多态性(SNPs)和疾病相关变异(DRVS),都会影响miRNA的功能和/或生物发生,从而影响表型。

MiRNASNP是一个广泛应用于miRNA相关SNP及其效应的数据库.在这里,我们将其更新为miRNASNP-v3(Http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/)具有大量的SNV和新特性,特别是DRVS数据。我们分析了7 161 741个SNPs和505 417个DRV对1897个前miRNAs(2630个成熟miRNAs)和18 152个基因3‘uTRs的影响。

MiRNASNP-v3为miRNA相关SNVS的研究提供了一种一站式资源,具有以下功能:(1)探讨miRNA相关SNPs/DRVS与疾病之间的关系;(2)浏览SNPs/DRVS对miRNA-靶结合的影响;(3)对SNPs/DRVS引起的miRNA靶增益/丢失进行功能富集分析;(4)研究药物敏感性与miRNA表达之间的相关性;(V)查询miRNA及其靶基因在癌症中的表达谱;(6)浏览SNPs/DRVS对miRNA前二级结构变化的影响;(Vii)预测用户定义的变异对miRNA靶结合或miRNA前二级结构的影响。

MiRNASNP-v3是功能变异筛选和miRNA功能研究中有价值和长期支持的资源。

MiRNASNP-v3数据综述

在miRNASNP-v3中,我们从dbSNP v 151中获得了SNV,GWAS目录,ClinVar和宇宙v88。从miRBase V22下载了RefSeq基因的miRNAs注释和3‘uTRs。和UCSC基因组浏览器。

为了更好地理解功能性miRNA相关SNV与表型的关联,我们将疾病相关变异(DRVS)与疾病/性状注释分类。去除冗余后,我们在1897年前miRNAs(2630个成熟miRNAs)和18 152个基因的3‘UTRs上鉴定出7 161 741个SNP和505 417个DRV。

特别是,5891个以miRNAs为特征的DRV(包括738个miRNA种子区的DRV)和499 526个3‘UTRs上的DRV与35种组织和4000多种疾病/性状有关。

此外,miRNA前区的46 826个SNPs(包括miRNA种子区的6229个SNPs)可能影响miRNA的二级结构、生物发生和靶结合。此外,3‘UTRs上的7 115 596个SNPs可能影响miRNA靶结合。

实验验证的miRNA-靶对来自TarBase(422 390)、miRecord(240)、miRTarBase(37 490)、miR 2病(641)和Starbase(370 058)。

MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库

改进内容和新功能

为了减少误报,miRNASNP-v3采用了两种流行的工具TargetScan v7.2和miRmap v1.1,确定miRNA靶结合位点。TargetScan和miRmap预测的miRNA目标结合位点被认为是一个可能的目标结合位点。变化对miRNA目标改变(得失)的影响是由我们以前的策略决定的。

简单地说,利用成熟miRNA的种子区(5‘端的2-8nt)和基因的3’UTR来预测一个变异对miRNA-靶结合的得失效应。我们利用TargetScan和miRmap对野生型序列和带有变异等位基因的序列进行miRNA靶基因预测。

如果野生型miRNA上没有任何工具预测突变miRNA的目标,则miRNA-靶关系是增益关系,反之亦然。同样,同样的方法也可以预测miRNA-靶结合中3‘-UTRs的变化。

MiRNASNP-v3构建了有用的模块,供用户浏览和探索SNPs/DRVS对通过多种方法改变miRNA-目标结合的影响。对于成熟的miRNA来说2A,mirNASnp-v3显示hsa-let-7a-2-3p种子区域中识别的snp/drv数。hsa-let-7a-2-3p的注释和获得/丢失目标基因的数量。

为了探讨变异对基因3‘utrs的影响,搜索感兴趣的基因将被重定向到基因搜索结果页面。MiRNASNP-v3显示基因3‘UTR上SNPs/DRVS的数目及其对miRNA靶结合位点改变的影响。此外,用户还可以研究SNPs/DRVS对miRNA前能量和二级结构变化的影响。

MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库

概述和未来展望

由于最近发现了大量的人类突变数据,我们将miRNASNP数据库更新为miRNASNP-v3,这是一个最新的数据库,具有全面的miRNA和突变数据以及新的功能模块。

在这个版本中,为了快速地探索miRNA变异与疾病/性状之间的联系,我们将miRNA和基因3‘UTR上的宇宙、GWAS、Catalog和ClinVar变异整合为DRVS。

这为解释疾病/性状提供了一个与miRNA相关的变异观点。例如,SNP rs77589182(C>T)对免疫球蛋白Kappa J区的重组信号结合蛋白(RBPJL)3‘UTR据报道与肺癌有关。

同时,这种C到T突变导致miRNA hsa-miR-10a-3p的增加和hsa-miR-39c-5p靶结合的丢失,这可能是可能的潜在生物学机制,需要进一步的实验验证。将miRNAs与疾病变异联系起来有助于在疾病研究中进行更好的实验设计。在miRNASNP-v3中,我们记录了>4000种疾病/性状。虽然有几个资源投入到miRNA相关的snv研究中,但我们的miRNASnp-v3中的数据和功能与其他的相比是显著的(表)。

miRNASnp-v3包含可能影响miRNA相关功能的最新和最全面的SNPs和DRVS数据。用户友好的miRNASNP-v3网络界面为用户提供了直观的视图,供用户浏览miRNA相关变异与疾病之间的关联、miRNA前二级结构的能量变化、miRNA靶结合的改变和功能的丰富变化。

新的数据和功能将使miRNASNP-v3成为了解SNVS对miRNA生物发生和miRNA相关调控的影响的有用资源,并揭示复杂疾病和性状的相关分子机制。

总之,我们更新的mirnp-v3可能是一个重要的补充。硅中与miRNA相关的变异研究的资源,包括最新的数据、新的特征和分析工具。此外,我们的miRNASNP-v3为这一领域提供了几乎一站式的解决方案,我们将定期用新的数据和功能更新数据库。


欢迎微信关注【非编码RNA研究园地】,我们致力于及时发布医学科研前沿进展,帮助医务工作者开拓思路,从专业角度解答课题基金及SCI相关问题,助力学术成果转化。

MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库的标签: 通过  一个  工作  我们  可以 

发表评论:

◎欢迎参与讨论,请在这里发表您的看法、交流您的观点。

关于MiRNASNP-v3:miRNAs和miRNA靶基因SNP和疾病相关变异综合数据库-APPLE说唱分享网
APPLE视觉生活网,为广大网民提供养生常识、健康知识科普、养生小窍门,每天分享健康小知识以及提供简单的家电故障解决方法,帮你解决日常生活所发生的琐事,有问题就来APPLE视觉生活网!
扫码关注
鲁ICP备20008365号